Changes

View changes from to
On June 7, 2026, 9:22:33 AM UTC, ckan_admin:
Deleted resource samples.csv from SIBES dataset
              
    
          
          
        
        
            f 1 { f 1 {
            2   "alternate_identifier":  2   "alternate_identifier": 
            3 "https://doi.org/10.1038/s41597-025-04540-9", 3 "https://doi.org/10.1038/s41597-025-04540-9",
            4   "author": "Allert Imre Bijleveld (NIOZ Royal Netherlands Institute  4   "author": "Allert Imre Bijleveld (NIOZ Royal Netherlands Institute 
            5 for Sea Research)", 5 for Sea Research)",
            6   "author_email": "allert.bijleveld@nioz.nl", 6   "author_email": "allert.bijleveld@nioz.nl",
            7   "code": "7b.b.ug", 7   "code": "7b.b.ug",
            8   "contributor": "Royal Netherlands Institute for Sea Research  8   "contributor": "Royal Netherlands Institute for Sea Research 
            9 (NIOZ)", 9 (NIOZ)",
            10   "creator_user_id": "335c40ff-a8b9-4320-8ae5-f380f87a4e56", 10   "creator_user_id": "335c40ff-a8b9-4320-8ae5-f380f87a4e56",
            11   "creators": "[{\"firstname\":\"Allert  11   "creators": "[{\"firstname\":\"Allert 
            12 \"Bijleveld\",\"orcid\":\"0000-0002-3159-8944\",\"affiliation\":\"NIOZ  12 \"Bijleveld\",\"orcid\":\"0000-0002-3159-8944\",\"affiliation\":\"NIOZ 
            13 Royal Netherlands Institute for Sea  13 Royal Netherlands Institute for Sea 
            14 tactemailaddress\":\"allert.bijleveld@nioz.nl\",\"formatted\":\"Allert  14 tactemailaddress\":\"allert.bijleveld@nioz.nl\",\"formatted\":\"Allert 
            15 Imre Bijleveld - NIOZ Royal Netherlands Institute for Sea Research -  15 Imre Bijleveld - NIOZ Royal Netherlands Institute for Sea Research - 
            16 ORCID: 0000-0002-3159-8944 - Corresponding Author -  16 ORCID: 0000-0002-3159-8944 - Corresponding Author - 
            17 Marten\",\"lastname\":\"Tacoma\",\"orcid\":null,\"affiliation\":\"NIOZ  17 Marten\",\"lastname\":\"Tacoma\",\"orcid\":null,\"affiliation\":\"NIOZ 
            18 Royal Netherlands Institute for Sea  18 Royal Netherlands Institute for Sea 
            19 ndingauthor\":null,\"contactemailaddress\":null,\"formatted\":\"Marten  19 ndingauthor\":null,\"contactemailaddress\":null,\"formatted\":\"Marten 
            20 Tacoma - NIOZ Royal Netherlands Institute for Sea Research - ORCID:  20 Tacoma - NIOZ Royal Netherlands Institute for Sea Research - ORCID: 
            21 nita\",\"lastname\":\"Koolhaas\",\"orcid\":null,\"affiliation\":\"NIOZ  21 nita\",\"lastname\":\"Koolhaas\",\"orcid\":null,\"affiliation\":\"NIOZ 
            22 Royal Netherlands Institute for Sea  22 Royal Netherlands Institute for Sea 
            23 ondingauthor\":null,\"contactemailaddress\":null,\"formatted\":\"Anita  23 ondingauthor\":null,\"contactemailaddress\":null,\"formatted\":\"Anita 
            24 Koolhaas - NIOZ Royal Netherlands Institute for Sea Research - ORCID:  24 Koolhaas - NIOZ Royal Netherlands Institute for Sea Research - ORCID: 
            25 \"}]", 25 \"}]",
            26   "dataset_persistent_id": "DOI:10.25850/nioz/7b.b.ug", 26   "dataset_persistent_id": "DOI:10.25850/nioz/7b.b.ug",
            27   "deposit_date": "2023-12-06", 27   "deposit_date": "2023-12-06",
            28   "depositor": "Allert Bijleveld (Allert.Bijleveld@nioz.nl)", 28   "depositor": "Allert Bijleveld (Allert.Bijleveld@nioz.nl)",
            29   "distribution_date": "2023-12-06", 29   "distribution_date": "2023-12-06",
            30   "distributor": "Research Data Management(NIOZ Royal Netherlands  30   "distributor": "Research Data Management(NIOZ Royal Netherlands 
            31 Institute for Sea Research)", 31 Institute for Sea Research)",
            32   "doi_date_published": "2024-12-21T11:58:49", 32   "doi_date_published": "2024-12-21T11:58:49",
            33   "funding_references": "[{\"name\":\"NIOZ Royal Netherlands Institute  33   "funding_references": "[{\"name\":\"NIOZ Royal Netherlands Institute 
            34 for Sea  34 for Sea 
            35 search\",\"awardnumber\":null,\"awardtitle\":null,\"formatted\":\"NIOZ  35 search\",\"awardnumber\":null,\"awardtitle\":null,\"formatted\":\"NIOZ 
            36 Royal Netherlands Institute for Sea Research -  36 Royal Netherlands Institute for Sea Research - 
            37 -\"},{\"name\":\"Rijkswaterstaat (RWS)  37 -\"},{\"name\":\"Rijkswaterstaat (RWS) 
            38 awardnumber\":null,\"awardtitle\":null,\"formatted\":\"Rijkswaterstaat  38 awardnumber\":null,\"awardtitle\":null,\"formatted\":\"Rijkswaterstaat 
            39 (RWS)  - -\"},{\"name\":\"Nederlandse Aardolie Maatschappij  39 (RWS)  - -\"},{\"name\":\"Nederlandse Aardolie Maatschappij 
            40 ",\"awardnumber\":null,\"awardtitle\":null,\"formatted\":\"Nederlandse  40 ",\"awardnumber\":null,\"awardtitle\":null,\"formatted\":\"Nederlandse 
            41 Aardolie Maatschappij (NAM) - -\"}]", 41 Aardolie Maatschappij (NAM) - -\"}]",
            42   "geographic_coverage": "[{\"place\":\"Dutch Wadden Sea  42   "geographic_coverage": "[{\"place\":\"Dutch Wadden Sea 
            43 "longitude_2\":\"4.79\",\"longitude_1\":\"7.25\",\"formatted\":\"Dutch  43 "longitude_2\":\"4.79\",\"longitude_1\":\"7.25\",\"formatted\":\"Dutch 
            44 Wadden Sea  N: 53.55 S: 52.88 E: 7.25 W: 4.79\"}]", 44 Wadden Sea  N: 53.55 S: 52.88 E: 7.25 W: 4.79\"}]",
            45   "groups": [], 45   "groups": [],
            46   "id": "95a5d109-1c31-4f1c-b6af-e0ef3892d83b", 46   "id": "95a5d109-1c31-4f1c-b6af-e0ef3892d83b",
            47   "isopen": true, 47   "isopen": true,
            48   "license_id": "CC-BY-SA-4.0", 48   "license_id": "CC-BY-SA-4.0",
            49   "license_title": "Creative Commons Attribution Share-Alike 4.0", 49   "license_title": "Creative Commons Attribution Share-Alike 4.0",
            50   "license_url": "https://creativecommons.org/licenses/by-sa/4.0/", 50   "license_url": "https://creativecommons.org/licenses/by-sa/4.0/",
            51   "maintainer": "Allert", 51   "maintainer": "Allert",
            52   "maintainer_email": "Allert.Bijleveld@nioz.nl", 52   "maintainer_email": "Allert.Bijleveld@nioz.nl",
            53   "metadata_created": "2024-10-22T17:56:19.348394", 53   "metadata_created": "2024-10-22T17:56:19.348394",
            n 54   "metadata_modified": "2026-06-07T09:22:32.559366", n 54   "metadata_modified": "2026-06-07T09:22:33.625497",
            55   "name": "sibes-dataset-00000001", 55   "name": "sibes-dataset-00000001",
            56   "notes": "Here, we present SIBES-data on median grain size  56   "notes": "Here, we present SIBES-data on median grain size 
            57 (micrometer) and mud content (%) of sediment, and abundances (#) and  57 (micrometer) and mud content (%) of sediment, and abundances (#) and 
            58 biomass (g) of benthic invertebrate found at sampling stations on  58 biomass (g) of benthic invertebrate found at sampling stations on 
            59 intertidal mudflats of the Dutch Wadden Sea. SIBES stands for Synoptic  59 intertidal mudflats of the Dutch Wadden Sea. SIBES stands for Synoptic 
            60 Intertidal BEnthic Survey and is a long-term ecological time-series  60 Intertidal BEnthic Survey and is a long-term ecological time-series 
            61 performed by NIOZ. It is aimed at understanding ecological processes  61 performed by NIOZ. It is aimed at understanding ecological processes 
            62 and sediment dynamics of intertidal mudflats related to benthic  62 and sediment dynamics of intertidal mudflats related to benthic 
            63 invertebrates. Details of the sampling method, laboratory protocols  63 invertebrates. Details of the sampling method, laboratory protocols 
            64 and data curation can be found in the accompanying paper in the  64 and data curation can be found in the accompanying paper in the 
            65 journal \"Scientific Data\"  65 journal \"Scientific Data\" 
            66 (https://doi.org/10.1038/s41597-025-04540-9). In summary, roughly  66 (https://doi.org/10.1038/s41597-025-04540-9). In summary, roughly 
            67 4,500 stations are sampled yearly from 2008 and onwards. The most  67 4,500 stations are sampled yearly from 2008 and onwards. The most 
            68 recent 3 years are under embargo, but available upon request to the  68 recent 3 years are under embargo, but available upon request to the 
            69 corresponding author. Samples were collected on a 500 m grid and on  69 corresponding author. Samples were collected on a 500 m grid and on 
            70 randomly located stations in the months June to October. Stations were  70 randomly located stations in the months June to October. Stations were 
            71 not sampled at the same dates across years. Sampling stations were  71 not sampled at the same dates across years. Sampling stations were 
            72 visited by foot during low tide and by boat during high tide. At each  72 visited by foot during low tide and by boat during high tide. At each 
            73 site sampled by boat, two cores were taken to a depth of ~25 cm  73 site sampled by boat, two cores were taken to a depth of ~25 cm 
            74 (combined area of 0.0173 m2). Samples were sieved on a 1 mm round mesh  74 (combined area of 0.0173 m2). Samples were sieved on a 1 mm round mesh 
            75 in the field. After sieving, large bivalves were separated from the  75 in the field. After sieving, large bivalves were separated from the 
            76 other species and frozen at -20 degrees Celsius to allow for easier  76 other species and frozen at -20 degrees Celsius to allow for easier 
            77 process in subsequent laboratory analysis. From the remaining sample,  77 process in subsequent laboratory analysis. From the remaining sample, 
            78 all benthic invertebrates were collected and preserved at a 4%  78 all benthic invertebrates were collected and preserved at a 4% 
            79 formaldehyde solution. Sediment samples were taken with a small core  79 formaldehyde solution. Sediment samples were taken with a small core 
            80 with a diameter of 33 mm from the surface of the inter-tidal flats to  80 with a diameter of 33 mm from the surface of the inter-tidal flats to 
            81 a depth of 4 cm and then frozen at -20 degrees C. In the laboratory,  81 a depth of 4 cm and then frozen at -20 degrees C. In the laboratory, 
            82 organisms were identified and counted and their biomass determined as  82 organisms were identified and counted and their biomass determined as 
            83 ash-free dry-mass (AFDM). Sediment samples were freeze-dried and grain  83 ash-free dry-mass (AFDM). Sediment samples were freeze-dried and grain 
            84 size distributions measured with a particle size analyser. For further  84 size distributions measured with a particle size analyser. For further 
            85 details concerning methods, processing, data curation, analyses and  85 details concerning methods, processing, data curation, analyses and 
            86 R-scripts, we refer to the accompanying paper. When using these data,  86 R-scripts, we refer to the accompanying paper. When using these data, 
            87 please cite that paper (https://doi.org/10.1038/s41597-025-04540-9).  87 please cite that paper (https://doi.org/10.1038/s41597-025-04540-9). 
            88 An R-library with examples of analysing and plotting the data is  88 An R-library with examples of analysing and plotting the data is 
            89 provided online at https://github.com/allertbijleveld/sibes. In  89 provided online at https://github.com/allertbijleveld/sibes. In 
            90 sharing these data, we hope to enhance collaborations and  90 sharing these data, we hope to enhance collaborations and 
            91 understanding of the impact of various pressures on macrozoobenthic  91 understanding of the impact of various pressures on macrozoobenthic 
            92 invertebrates, sediment composition, food webs, the ecosystem, and  92 invertebrates, sediment composition, food webs, the ecosystem, and 
            93 biodiversity in the Wadden Sea and other intertidal habitats.", 93 biodiversity in the Wadden Sea and other intertidal habitats.",
            n 94   "num_resources": 2, n 94   "num_resources": 1,
            95   "num_tags": 12, 95   "num_tags": 12,
            96   "organization": { 96   "organization": {
            97     "approval_status": "approved", 97     "approval_status": "approved",
            98     "created": "2024-10-22T06:06:56.074257", 98     "created": "2024-10-22T06:06:56.074257",
            99     "description": "", 99     "description": "",
            100     "id": "bed2a893-3895-450b-bf4b-c74318003b1b", 100     "id": "bed2a893-3895-450b-bf4b-c74318003b1b",
            101     "image_url":  101     "image_url": 
            102 z.nl/application/files/1216/8924/5333/NIOZ-logo_witte_randi-2023.svg", 102 z.nl/application/files/1216/8924/5333/NIOZ-logo_witte_randi-2023.svg",
            103     "is_organization": true, 103     "is_organization": true,
            104     "name": "nioz", 104     "name": "nioz",
            105     "state": "active", 105     "state": "active",
            106     "title": "Royal Netherlands Institute for Sea Research", 106     "title": "Royal Netherlands Institute for Sea Research",
            107     "type": "organization" 107     "type": "organization"
            108   }, 108   },
            109   "owner_org": "bed2a893-3895-450b-bf4b-c74318003b1b", 109   "owner_org": "bed2a893-3895-450b-bf4b-c74318003b1b",
            110   "private": false, 110   "private": false,
            111   "production_date": "2024-12-21", 111   "production_date": "2024-12-21",
            112   "related_identifier": "https://doi.org/10.1038/s41597-025-04540-9,  112   "related_identifier": "https://doi.org/10.1038/s41597-025-04540-9, 
            113 https://github.com/allertbijleveld/sibes", 113 https://github.com/allertbijleveld/sibes",
            114   "relationships_as_object": [], 114   "relationships_as_object": [],
            115   "relationships_as_subject": [], 115   "relationships_as_subject": [],
            116   "resources": [ 116   "resources": [
            117     { 117     {
            118       "cache_last_updated": null, 118       "cache_last_updated": null,
            119       "cache_url": null, 119       "cache_url": null,
            n 120       "created": "2024-12-21T08:23:24.414064", n 
            121       "datastore_active": false, 
            122       "format": "CSV", 
            123       "hash": "", 
            124       "id": "ea413d2d-267a-4059-999e-d159f328ea5f", 
            125       "last_modified": "2024-12-21T08:23:24.370572", 
            126       "metadata_modified": "2024-12-21T08:23:24.747072", 
            127       "mimetype": "text/csv", 
            128       "mimetype_inner": null, 
            129       "name": "samples.csv", 
            130       "package_id": "95a5d109-1c31-4f1c-b6af-e0ef3892d83b", 
            131       "position": 0, 
            132       "resource_type": null, 
            133       "size": 4409815, 
            134       "state": "active", 
            135       "url":  
            136 b/resource/ea413d2d-267a-4059-999e-d159f328ea5f/download/samples.csv", 
            137       "url_type": "upload" 
            138     }, 
            139     { 
            140       "cache_last_updated": null, 
            141       "cache_url": null, 
            142       "created": "2024-12-21T08:23:24.775233", 120       "created": "2024-12-21T08:23:24.775233",
            143       "datastore_active": false, 121       "datastore_active": false,
            144       "format": "CSV", 122       "format": "CSV",
            145       "hash": "", 123       "hash": "",
            146       "id": "be86b424-4783-4d1a-acce-aee4a5e0d042", 124       "id": "be86b424-4783-4d1a-acce-aee4a5e0d042",
            147       "last_modified": "2024-12-21T08:23:24.725823", 125       "last_modified": "2024-12-21T08:23:24.725823",
            148       "metadata_modified": "2024-12-21T08:36:59.752070", 126       "metadata_modified": "2024-12-21T08:36:59.752070",
            149       "mimetype": "text/csv", 127       "mimetype": "text/csv",
            150       "mimetype_inner": null, 128       "mimetype_inner": null,
            151       "name": "species.csv", 129       "name": "species.csv",
            152       "package_id": "95a5d109-1c31-4f1c-b6af-e0ef3892d83b", 130       "package_id": "95a5d109-1c31-4f1c-b6af-e0ef3892d83b",
            t 153       "position": 1, t 131       "position": 0,
            154       "resource_type": null, 132       "resource_type": null,
            155       "size": 17907, 133       "size": 17907,
            156       "state": "active", 134       "state": "active",
            157       "url":  135       "url": 
            158 b/resource/be86b424-4783-4d1a-acce-aee4a5e0d042/download/species.csv", 136 b/resource/be86b424-4783-4d1a-acce-aee4a5e0d042/download/species.csv",
            159       "url_type": "upload" 137       "url_type": "upload"
            160     } 138     }
            161   ], 139   ],
            162   "state": "active", 140   "state": "active",
            163   "subject": "Earth and Environmental Sciences", 141   "subject": "Earth and Environmental Sciences",
            164   "tags": [ 142   "tags": [
            165     { 143     {
            166       "display_name": "SIBES", 144       "display_name": "SIBES",
            167       "id": "dcca6a4c-6f2e-4a5a-bfa8-709d90cbf8f9", 145       "id": "dcca6a4c-6f2e-4a5a-bfa8-709d90cbf8f9",
            168       "name": "SIBES", 146       "name": "SIBES",
            169       "state": "active", 147       "state": "active",
            170       "vocabulary_id": null 148       "vocabulary_id": null
            171     }, 149     },
            172     { 150     {
            173       "display_name": "Wadden Sea", 151       "display_name": "Wadden Sea",
            174       "id": "543625c0-3df2-4e6c-95b2-b2a9fda7851e", 152       "id": "543625c0-3df2-4e6c-95b2-b2a9fda7851e",
            175       "name": "Wadden Sea", 153       "name": "Wadden Sea",
            176       "state": "active", 154       "state": "active",
            177       "vocabulary_id": null 155       "vocabulary_id": null
            178     }, 156     },
            179     { 157     {
            180       "display_name": "benthic invertebrates", 158       "display_name": "benthic invertebrates",
            181       "id": "690cbef5-deff-4b28-8c91-f7b0d1cbbe20", 159       "id": "690cbef5-deff-4b28-8c91-f7b0d1cbbe20",
            182       "name": "benthic invertebrates", 160       "name": "benthic invertebrates",
            183       "state": "active", 161       "state": "active",
            184       "vocabulary_id": null 162       "vocabulary_id": null
            185     }, 163     },
            186     { 164     {
            187       "display_name": "biodiversity", 165       "display_name": "biodiversity",
            188       "id": "86306854-44e6-475a-bb80-528e09dc7917", 166       "id": "86306854-44e6-475a-bb80-528e09dc7917",
            189       "name": "biodiversity", 167       "name": "biodiversity",
            190       "state": "active", 168       "state": "active",
            191       "vocabulary_id": null 169       "vocabulary_id": null
            192     }, 170     },
            193     { 171     {
            194       "display_name": "biomass", 172       "display_name": "biomass",
            195       "id": "6690403c-9212-4adb-9869-2dd6194b1b69", 173       "id": "6690403c-9212-4adb-9869-2dd6194b1b69",
            196       "name": "biomass", 174       "name": "biomass",
            197       "state": "active", 175       "state": "active",
            198       "vocabulary_id": null 176       "vocabulary_id": null
            199     }, 177     },
            200     { 178     {
            201       "display_name": "intertidal mudlfats", 179       "display_name": "intertidal mudlfats",
            202       "id": "df9d0455-83b8-4722-85ac-b49383ce6f90", 180       "id": "df9d0455-83b8-4722-85ac-b49383ce6f90",
            203       "name": "intertidal mudlfats", 181       "name": "intertidal mudlfats",
            204       "state": "active", 182       "state": "active",
            205       "vocabulary_id": null 183       "vocabulary_id": null
            206     }, 184     },
            207     { 185     {
            208       "display_name": "macrozoobenthos", 186       "display_name": "macrozoobenthos",
            209       "id": "0562514f-9682-4fe1-a3ca-56838420e92a", 187       "id": "0562514f-9682-4fe1-a3ca-56838420e92a",
            210       "name": "macrozoobenthos", 188       "name": "macrozoobenthos",
            211       "state": "active", 189       "state": "active",
            212       "vocabulary_id": null 190       "vocabulary_id": null
            213     }, 191     },
            214     { 192     {
            215       "display_name": "median grain size", 193       "display_name": "median grain size",
            216       "id": "af7bff5c-e3bc-44d7-9660-8a49f38a820a", 194       "id": "af7bff5c-e3bc-44d7-9660-8a49f38a820a",
            217       "name": "median grain size", 195       "name": "median grain size",
            218       "state": "active", 196       "state": "active",
            219       "vocabulary_id": null 197       "vocabulary_id": null
            220     }, 198     },
            221     { 199     {
            222       "display_name": "mud content", 200       "display_name": "mud content",
            223       "id": "17c90e04-4a65-44e7-b447-0994e4a6a820", 201       "id": "17c90e04-4a65-44e7-b447-0994e4a6a820",
            224       "name": "mud content", 202       "name": "mud content",
            225       "state": "active", 203       "state": "active",
            226       "vocabulary_id": null 204       "vocabulary_id": null
            227     }, 205     },
            228     { 206     {
            229       "display_name": "sediment", 207       "display_name": "sediment",
            230       "id": "bee8bc49-03bc-40a3-a4ae-efd5262097b1", 208       "id": "bee8bc49-03bc-40a3-a4ae-efd5262097b1",
            231       "name": "sediment", 209       "name": "sediment",
            232       "state": "active", 210       "state": "active",
            233       "vocabulary_id": null 211       "vocabulary_id": null
            234     }, 212     },
            235     { 213     {
            236       "display_name": "sibes", 214       "display_name": "sibes",
            237       "id": "2dfe5c9b-4861-4e0c-bde3-2a9141528826", 215       "id": "2dfe5c9b-4861-4e0c-bde3-2a9141528826",
            238       "name": "sibes", 216       "name": "sibes",
            239       "state": "active", 217       "state": "active",
            240       "vocabulary_id": null 218       "vocabulary_id": null
            241     }, 219     },
            242     { 220     {
            243       "display_name": "wadden sea", 221       "display_name": "wadden sea",
            244       "id": "b1e4567a-5354-4e10-ab83-723130f226d9", 222       "id": "b1e4567a-5354-4e10-ab83-723130f226d9",
            245       "name": "wadden sea", 223       "name": "wadden sea",
            246       "state": "active", 224       "state": "active",
            247       "vocabulary_id": null 225       "vocabulary_id": null
            248     } 226     }
            249   ], 227   ],
            250   "title": "SIBES dataset", 228   "title": "SIBES dataset",
            251   "type": "dataset", 229   "type": "dataset",
            252   "url": "https://doi.org/10.25850/nioz/7b.b.ug", 230   "url": "https://doi.org/10.25850/nioz/7b.b.ug",
            253   "version": "1" 231   "version": "1"
            254 } 232 }