Changes

              
    

          
          
        
        

            
f
1
{
f
1
{
            
2
  "author": null,
2
  "author": null,
            
3
  "author_email": null,
3
  "author_email": null,
            
4
  "code": "7b.b.fd",
4
  "code": "7b.b.fd",
            
5
  "contributor": "NIOZ Royal Netherlands Institute for Sea Research",
5
  "contributor": "NIOZ Royal Netherlands Institute for Sea Research",
            
6
  "creator_user_id": "63e7592d-9651-4127-b7e7-e2d4a62f88a5",
6
  "creator_user_id": "63e7592d-9651-4127-b7e7-e2d4a62f88a5",
            
7
  "creators": "[{\"firstname\":\"Zo\u00eb\",\"lastname\":\"van 
7
  "creators": "[{\"firstname\":\"Zo\u00eb\",\"lastname\":\"van 
            
8
Kemenade\",\"orcid\":null,\"affiliation\":\"Royal Netherlands 
8
Kemenade\",\"orcid\":null,\"affiliation\":\"Royal Netherlands 
            
9
Institute for Sea 
9
Institute for Sea 
            
10
ctemailaddress\":\"zoe.van.kemenade@nioz.nl\",\"formatted\":\"Zo\u00eb 
10
ctemailaddress\":\"zoe.van.kemenade@nioz.nl\",\"formatted\":\"Zo\u00eb 
            
11
van Kemenade - Royal Netherlands Institute for Sea Research - ORCID:  
11
van Kemenade - Royal Netherlands Institute for Sea Research - ORCID:  
            
12
- Corresponding Author - 
12
- Corresponding Author - 
            
13
Anna\",\"lastname\":\"Cutmore\",\"orcid\":null,\"affiliation\":\"Royal 
13
Anna\",\"lastname\":\"Cutmore\",\"orcid\":null,\"affiliation\":\"Royal 
            
14
Netherlands Institute for Sea 
14
Netherlands Institute for Sea 
            
15
pondingauthor\":null,\"contactemailaddress\":null,\"formatted\":\"Anna 
15
pondingauthor\":null,\"contactemailaddress\":null,\"formatted\":\"Anna 
            
16
Cutmore - Royal Netherlands Institute for Sea Research - ORCID: 
16
Cutmore - Royal Netherlands Institute for Sea Research - ORCID: 
            
17
ick\",\"lastname\":\"Hennekam\",\"orcid\":null,\"affiliation\":\"Royal 
17
ick\",\"lastname\":\"Hennekam\",\"orcid\":null,\"affiliation\":\"Royal 
            
18
Netherlands Institute for Sea 
18
Netherlands Institute for Sea 
            
19
pondingauthor\":null,\"contactemailaddress\":null,\"formatted\":\"Rick 
19
pondingauthor\":null,\"contactemailaddress\":null,\"formatted\":\"Rick 
            
20
Hennekam - Royal Netherlands Institute for Sea Research - ORCID: 
20
Hennekam - Royal Netherlands Institute for Sea Research - ORCID: 
            
21
llen\",\"lastname\":\"Hopmans\",\"orcid\":null,\"affiliation\":\"Royal 
21
llen\",\"lastname\":\"Hopmans\",\"orcid\":null,\"affiliation\":\"Royal 
            
22
Netherlands Institute for Sea 
22
Netherlands Institute for Sea 
            
23
ondingauthor\":null,\"contactemailaddress\":null,\"formatted\":\"Ellen 
23
ondingauthor\":null,\"contactemailaddress\":null,\"formatted\":\"Ellen 
            
24
Hopmans - Royal Netherlands Institute for Sea Research - ORCID: 
24
Hopmans - Royal Netherlands Institute for Sea Research - ORCID: 
            
25
\"},{\"firstname\":\"Marcel\",\"lastname\":\"van der 
25
\"},{\"firstname\":\"Marcel\",\"lastname\":\"van der 
            
26
Meer\",\"orcid\":null,\"affiliation\":\"Royal Netherlands Institute 
26
Meer\",\"orcid\":null,\"affiliation\":\"Royal Netherlands Institute 
            
27
for Sea 
27
for Sea 
            
28
ndingauthor\":null,\"contactemailaddress\":null,\"formatted\":\"Marcel 
28
ndingauthor\":null,\"contactemailaddress\":null,\"formatted\":\"Marcel 
            
29
van der Meer - Royal Netherlands Institute for Sea Research - ORCID: 
29
van der Meer - Royal Netherlands Institute for Sea Research - ORCID: 
            
30
\"lastname\":\"Moijtahid\",\"orcid\":null,\"affiliation\":\"University 
30
\"lastname\":\"Moijtahid\",\"orcid\":null,\"affiliation\":\"University 
            
31
of 
31
of 
            
32
ndingauthor\":null,\"contactemailaddress\":null,\"formatted\":\"Meryem 
32
ndingauthor\":null,\"contactemailaddress\":null,\"formatted\":\"Meryem 
            
33
Moijtahid - University of Angers - ORCID: 
33
Moijtahid - University of Angers - ORCID: 
            
34
,\"lastname\":\"Jorissen\",\"orcid\":null,\"affiliation\":\"University 
34
,\"lastname\":\"Jorissen\",\"orcid\":null,\"affiliation\":\"University 
            
35
of 
35
of 
            
36
ondingauthor\":null,\"contactemailaddress\":null,\"formatted\":\"Frans 
36
ondingauthor\":null,\"contactemailaddress\":null,\"formatted\":\"Frans 
            
37
Jorissen - University of Angers - ORCID: 
37
Jorissen - University of Angers - ORCID: 
            
38
"Nicole\",\"lastname\":\"Bale\",\"orcid\":null,\"affiliation\":\"Royal 
38
"Nicole\",\"lastname\":\"Bale\",\"orcid\":null,\"affiliation\":\"Royal 
            
39
Netherlands Institute for Sea 
39
Netherlands Institute for Sea 
            
40
ndingauthor\":null,\"contactemailaddress\":null,\"formatted\":\"Nicole 
40
ndingauthor\":null,\"contactemailaddress\":null,\"formatted\":\"Nicole 
            
41
Bale - Royal Netherlands Institute for Sea Research - ORCID: 
41
Bale - Royal Netherlands Institute for Sea Research - ORCID: 
            
42
Jan\",\"lastname\":\"Reichart\",\"orcid\":null,\"affiliation\":\"Royal 
42
Jan\",\"lastname\":\"Reichart\",\"orcid\":null,\"affiliation\":\"Royal 
            
43
Netherlands Institute for Sea 
43
Netherlands Institute for Sea 
            
44
ingauthor\":null,\"contactemailaddress\":null,\"formatted\":\"Gert-Jan 
44
ingauthor\":null,\"contactemailaddress\":null,\"formatted\":\"Gert-Jan 
            
45
Reichart - Royal Netherlands Institute for Sea Research - ORCID: 
45
Reichart - Royal Netherlands Institute for Sea Research - ORCID: 
            
46
\"},{\"firstname\":\"Jaap\",\"lastname\":\"Sinninghe 
46
\"},{\"firstname\":\"Jaap\",\"lastname\":\"Sinninghe 
            
47
Damst\u00e9\",\"orcid\":null,\"affiliation\":\"Royal Netherlands 
47
Damst\u00e9\",\"orcid\":null,\"affiliation\":\"Royal Netherlands 
            
48
Institute for Sea 
48
Institute for Sea 
            
49
pondingauthor\":null,\"contactemailaddress\":null,\"formatted\":\"Jaap 
49
pondingauthor\":null,\"contactemailaddress\":null,\"formatted\":\"Jaap 
            
50
Sinninghe Damst\u00e9 - Royal Netherlands Institute for Sea Research - 
50
Sinninghe Damst\u00e9 - Royal Netherlands Institute for Sea Research - 
            
51
ORCID: 
51
ORCID: 
            
52
\"Darci\",\"lastname\":\"Rush\",\"orcid\":null,\"affiliation\":\"Royal 
52
\"Darci\",\"lastname\":\"Rush\",\"orcid\":null,\"affiliation\":\"Royal 
            
53
Netherlands Institute for Sea 
53
Netherlands Institute for Sea 
            
54
arch\",\"iscorrespondingauthor\":null,\"contactemailaddress\":null}]",
54
arch\",\"iscorrespondingauthor\":null,\"contactemailaddress\":null}]",
            
55
  "dataset_persistent_id": "DOI:10.25850/nioz/7b.b.fd",
55
  "dataset_persistent_id": "DOI:10.25850/nioz/7b.b.fd",
            
56
  "deposit_date": "2022-09-14",
56
  "deposit_date": "2022-09-14",
            
57
  "depositor": "Zoe van Kemenade",
57
  "depositor": "Zoe van Kemenade",
            
58
  "distribution_date": "2022-09-14",
58
  "distribution_date": "2022-09-14",
            
59
  "distributor": "Research Data Management(NIOZ Royal Netherlands 
59
  "distributor": "Research Data Management(NIOZ Royal Netherlands 
            
60
Institute for Sea Research)",
60
Institute for Sea Research)",
            
61
  "doi_date_published": "2023-03-15",
61
  "doi_date_published": "2023-03-15",
            
62
  "funding_references": "[{\"name\":\"Soehngen Institute of Anaerobic 
62
  "funding_references": "[{\"name\":\"Soehngen Institute of Anaerobic 
            
63
Microbiology 
63
Microbiology 
            
64
\",\"awardnumber\":\"024.002.002\",\"awardtitle\":\"Gravitation 
64
\",\"awardnumber\":\"024.002.002\",\"awardtitle\":\"Gravitation 
            
65
Grant\"}]",
65
Grant\"}]",
            
66
  "groups": [],
66
  "groups": [],
            
67
  "id": "1afab812-5d8f-445e-85d0-002ab17ba28e",
67
  "id": "1afab812-5d8f-445e-85d0-002ab17ba28e",
            
68
  "isopen": false,
68
  "isopen": false,
            
69
  "license_title": null,
69
  "license_title": null,
            
70
  "maintainer": null,
70
  "maintainer": null,
            
71
  "maintainer_email": null,
71
  "maintainer_email": null,
            
72
  "metadata_created": "2024-10-22T11:47:11.843489",
72
  "metadata_created": "2024-10-22T11:47:11.843489",
            
n
73
  "metadata_modified": "2024-10-22T17:12:21.113698",
n
73
  "metadata_modified": "2024-10-22T17:12:22.283710",
            
74
  "name": "7bbfd",
74
  "name": "7bbfd",
            
75
  "notes": "In the eastern Mediterranean Sea (EMS), the organic-poor 
75
  "notes": "In the eastern Mediterranean Sea (EMS), the organic-poor 
            
76
sedimentary record is periodically interspersed with organic-rich 
76
sedimentary record is periodically interspersed with organic-rich 
            
77
layers, known as sapropels. Sapropels are characteristic of basin-wide 
77
layers, known as sapropels. Sapropels are characteristic of basin-wide 
            
78
anoxic events, triggered by precession-forced insolation maxima. In 
78
anoxic events, triggered by precession-forced insolation maxima. In 
            
79
the late Quaternary, relatively subdued insolation maxima are not 
79
the late Quaternary, relatively subdued insolation maxima are not 
            
80
always expressed as distinct sapropels. Late Quaternary EMS 
80
always expressed as distinct sapropels. Late Quaternary EMS 
            
81
sedimentary records hereby offer the opportunity to investigate 
81
sedimentary records hereby offer the opportunity to investigate 
            
82
tipping points of anoxia and associated nitrogen (N) cycling dynamics. 
82
tipping points of anoxia and associated nitrogen (N) cycling dynamics. 
            
83
To this extent, we have investigated a ~68 kyr sediment record from 
83
To this extent, we have investigated a ~68 kyr sediment record from 
            
84
the EMS (64PE406-E1), which contains the well-established Holocene 
84
the EMS (64PE406-E1), which contains the well-established Holocene 
            
85
sapropel S1 (deposited in two parts: S1a [~10.5\u25008.5 kyr BP] and 
85
sapropel S1 (deposited in two parts: S1a [~10.5\u25008.5 kyr BP] and 
            
86
S1b [~7.8\u25006.1 kyr BP]) and the sediments timed to the ambiguous 
86
S1b [~7.8\u25006.1 kyr BP]) and the sediments timed to the ambiguous 
            
87
S2 sapropel of the late Pleistocene (~53 kyr BP). We focus on lipid 
87
S2 sapropel of the late Pleistocene (~53 kyr BP). We focus on lipid 
            
88
biomarkers of microorganisms to reconstruct changes in key components 
88
biomarkers of microorganisms to reconstruct changes in key components 
            
89
of the N cycle: (1) anaerobic ammonium oxidation (anammox) using 
89
of the N cycle: (1) anaerobic ammonium oxidation (anammox) using 
            
90
ladderanes and a stereoisomer of bacteriohopanetetrol (BHT-x), (2) 
90
ladderanes and a stereoisomer of bacteriohopanetetrol (BHT-x), (2) 
            
91
dinitrogen gas (N2) fixation using heterocyte glycolipids (HGs), and 
91
dinitrogen gas (N2) fixation using heterocyte glycolipids (HGs), and 
            
92
(3) nitrification by Thaumarchaeota using crenarchaeol. Elevated 
92
(3) nitrification by Thaumarchaeota using crenarchaeol. Elevated 
            
93
crenarchaeol at the start of S1a indicates enhanced nitrification by 
93
crenarchaeol at the start of S1a indicates enhanced nitrification by 
            
94
Thaumarchaeota, likely promoted by an influx of nutrients via enhanced 
94
Thaumarchaeota, likely promoted by an influx of nutrients via enhanced 
            
95
river discharge. Anammox occurred throughout S1, but was most intense 
95
river discharge. Anammox occurred throughout S1, but was most intense 
            
96
~1.5  kyr after the onset of anoxia (at ~10.5 cal. kyr BP; as 
96
~1.5  kyr after the onset of anoxia (at ~10.5 cal. kyr BP; as 
            
97
indicated by redox-sensitive trace elements and benthic foraminifer 
97
indicated by redox-sensitive trace elements and benthic foraminifer 
            
98
assemblages). High organic carbon levels in S1a likely resulted in 
98
assemblages). High organic carbon levels in S1a likely resulted in 
            
99
anammox being initially outcompeted by heterotrophic denitrification. 
99
anammox being initially outcompeted by heterotrophic denitrification. 
            
100
N2-fixation by heterocytous cyanobacteria appeared predominantly at 
100
N2-fixation by heterocytous cyanobacteria appeared predominantly at 
            
101
the S1a termination and in the S1 interruption. Ladderanes suggest 
101
the S1a termination and in the S1 interruption. Ladderanes suggest 
            
102
additional episodes of bioavailable N removal between ~69 to 39 cal. 
102
additional episodes of bioavailable N removal between ~69 to 39 cal. 
            
103
kyr BP. These episodes correspond to brief periods of anoxia at the 
103
kyr BP. These episodes correspond to brief periods of anoxia at the 
            
104
sediment-water interface, with maximum deoxygenation occurring in 
104
sediment-water interface, with maximum deoxygenation occurring in 
            
105
sediments timed to S2 (53\u250053 cal. kyr BP; as indicated by Mn/Al 
105
sediments timed to S2 (53\u250053 cal. kyr BP; as indicated by Mn/Al 
            
106
and benthic foraminifera). During these episodes, BHT-x is absent, 
106
and benthic foraminifera). During these episodes, BHT-x is absent, 
            
107
but, ladderanes co-occur with a later eluting BHT stereoisomer 
107
but, ladderanes co-occur with a later eluting BHT stereoisomer 
            
108
(BHT-34R). BHT-34R compound-specific \u03b413C values indicate an 
108
(BHT-34R). BHT-34R compound-specific \u03b413C values indicate an 
            
109
anammox source, potentially synthesized by relatively poorly studied 
109
anammox source, potentially synthesized by relatively poorly studied 
            
110
marine sedimentary anammox bacteria. Taken all together, our results 
110
marine sedimentary anammox bacteria. Taken all together, our results 
            
111
highlight various modes of operation of the N cycle during the 
111
highlight various modes of operation of the N cycle during the 
            
112
different deoxygenation events. During S1a, a combination of anammox, 
112
different deoxygenation events. During S1a, a combination of anammox, 
            
113
denitrification and an excess supply of P may have been a reinforcing 
113
denitrification and an excess supply of P may have been a reinforcing 
            
114
feedback for anoxia, by favoring the appearance of diatom-diazotroph 
114
feedback for anoxia, by favoring the appearance of diatom-diazotroph 
            
115
symbiotic consortia. While during S1b and S2, a temporal coupling 
115
symbiotic consortia. While during S1b and S2, a temporal coupling 
            
116
between anammox and N2-fixation was not observed, either because loss 
116
between anammox and N2-fixation was not observed, either because loss 
            
117
of bioavailable N was not sufficiently extensive or diazotrophs were 
117
of bioavailable N was not sufficiently extensive or diazotrophs were 
            
118
nutrient limited. During these periods, anammox may have acted as a 
118
nutrient limited. During these periods, anammox may have acted as a 
            
119
negative feedback on anoxia by quenching primary production.",
119
negative feedback on anoxia by quenching primary production.",
            
n
120
  "num_resources": 1,
n
120
  "num_resources": 2,
            
121
  "num_tags": 1,
121
  "num_tags": 1,
            
122
  "organization": {
122
  "organization": {
            
123
    "approval_status": "approved",
123
    "approval_status": "approved",
            
124
    "created": "2024-10-22T06:06:56.074257",
124
    "created": "2024-10-22T06:06:56.074257",
            
125
    "description": "",
125
    "description": "",
            
126
    "id": "bed2a893-3895-450b-bf4b-c74318003b1b",
126
    "id": "bed2a893-3895-450b-bf4b-c74318003b1b",
            
127
    "image_url": 
127
    "image_url": 
            
128
z.nl/application/files/1216/8924/5333/NIOZ-logo_witte_randi-2023.svg",
128
z.nl/application/files/1216/8924/5333/NIOZ-logo_witte_randi-2023.svg",
            
129
    "is_organization": true,
129
    "is_organization": true,
            
130
    "name": "nioz",
130
    "name": "nioz",
            
131
    "state": "active",
131
    "state": "active",
            
132
    "title": "Royal Netherlands Institute for Sea Research",
132
    "title": "Royal Netherlands Institute for Sea Research",
            
133
    "type": "organization"
133
    "type": "organization"
            
134
  },
134
  },
            
135
  "owner_org": "bed2a893-3895-450b-bf4b-c74318003b1b",
135
  "owner_org": "bed2a893-3895-450b-bf4b-c74318003b1b",
            
136
  "private": false,
136
  "private": false,
            
137
  "production_date": "2023-03-15",
137
  "production_date": "2023-03-15",
            
138
  "relationships_as_object": [],
138
  "relationships_as_object": [],
            
139
  "relationships_as_subject": [],
139
  "relationships_as_subject": [],
            
140
  "resources": [
140
  "resources": [
            
141
    {
141
    {
            
142
      "cache_last_updated": null,
142
      "cache_last_updated": null,
            
143
      "cache_url": null,
143
      "cache_url": null,
            
144
      "created": "2024-10-22T11:47:12.424822",
144
      "created": "2024-10-22T11:47:12.424822",
            
145
      "datastore_active": false,
145
      "datastore_active": false,
            
146
      "format": "XLSX",
146
      "format": "XLSX",
            
147
      "hash": "ad2bca96f3aedcf4715dff990892b59a",
147
      "hash": "ad2bca96f3aedcf4715dff990892b59a",
            
148
      "id": "c380ccc0-6198-4158-94f3-ffc9afbf1a79",
148
      "id": "c380ccc0-6198-4158-94f3-ffc9afbf1a79",
            
149
      "last_modified": "2024-10-22T11:47:12.405670",
149
      "last_modified": "2024-10-22T11:47:12.405670",
            
150
      "metadata_modified": "2024-10-22T11:47:12.862899",
150
      "metadata_modified": "2024-10-22T11:47:12.862899",
            
151
      "mimetype": 
151
      "mimetype": 
            
152
"application/vnd.openxmlformats-officedocument.spreadsheetml.sheet",
152
"application/vnd.openxmlformats-officedocument.spreadsheetml.sheet",
            
153
      "mimetype_inner": null,
153
      "mimetype_inner": null,
            
154
      "name": "Supplementary Material 2.xlsx",
154
      "name": "Supplementary Material 2.xlsx",
            
155
      "package_id": "1afab812-5d8f-445e-85d0-002ab17ba28e",
155
      "package_id": "1afab812-5d8f-445e-85d0-002ab17ba28e",
            
156
      "position": 0,
156
      "position": 0,
            
157
      "resource_type": null,
157
      "resource_type": null,
            
158
      "size": 35435,
158
      "size": 35435,
            
159
      "state": "active",
159
      "state": "active",
            
160
      "url": 
160
      "url": 
            
161
0-6198-4158-94f3-ffc9afbf1a79/download/supplementary-material-2.xlsx",
161
0-6198-4158-94f3-ffc9afbf1a79/download/supplementary-material-2.xlsx",
            
162
      "url_type": "upload"
162
      "url_type": "upload"
            
t
t
163
    },
            
164
    {
            
165
      "cache_last_updated": null,
            
166
      "cache_url": null,
            
167
      "created": "2024-10-22T17:12:22.295256",
            
168
      "datastore_active": false,
            
169
      "format": "PDF",
            
170
      "hash": "dcff0e97aaf41eeb4d1864c3bd39ca66",
            
171
      "id": "8e1d8249-9917-4d2d-ab3c-d639d206630d",
            
172
      "last_modified": "2024-10-22T17:12:22.274482",
            
173
      "metadata_modified": "2024-10-22T17:12:22.290240",
            
174
      "mimetype": "application/pdf",
            
175
      "mimetype_inner": null,
            
176
      "name": "Supplementary material 1.pdf",
            
177
      "package_id": "1afab812-5d8f-445e-85d0-002ab17ba28e",
            
178
      "position": 1,
            
179
      "resource_type": null,
            
180
      "size": 1933044,
            
181
      "state": "active",
            
182
      "url": 
            
183
49-9917-4d2d-ab3c-d639d206630d/download/supplementary-material-1.pdf",
            
184
      "url_type": "upload"
            
163
    }
185
    }
            
164
  ],
186
  ],
            
165
  "state": "active",
187
  "state": "active",
            
166
  "subject": "Earth and Environmental Sciences",
188
  "subject": "Earth and Environmental Sciences",
            
167
  "tags": [
189
  "tags": [
            
168
    {
190
    {
            
169
      "display_name": "Marine nitrogen cycle Sapropel Eastern 
191
      "display_name": "Marine nitrogen cycle Sapropel Eastern 
            
170
Mediterranean Sea Lipid biomarkers Anoxic events",
192
Mediterranean Sea Lipid biomarkers Anoxic events",
            
171
      "id": "51ff3a04-a5f0-4927-9a9c-5f77aafcfe0a",
193
      "id": "51ff3a04-a5f0-4927-9a9c-5f77aafcfe0a",
            
172
      "name": "Marine nitrogen cycle Sapropel Eastern Mediterranean 
194
      "name": "Marine nitrogen cycle Sapropel Eastern Mediterranean 
            
173
Sea Lipid biomarkers Anoxic events",
195
Sea Lipid biomarkers Anoxic events",
            
174
      "state": "active",
196
      "state": "active",
            
175
      "vocabulary_id": null
197
      "vocabulary_id": null
            
176
    }
198
    }
            
177
  ],
199
  ],
            
178
  "title": "Nitrogen cycling dynamics under altering redox conditions 
200
  "title": "Nitrogen cycling dynamics under altering redox conditions 
            
179
during sapropels S1 and the ambiguous S2 in the Eastern Mediterranean 
201
during sapropels S1 and the ambiguous S2 in the Eastern Mediterranean 
            
180
Sea",
202
Sea",
            
181
  "type": "dataset",
203
  "type": "dataset",
            
182
  "url": "https://dataportal.nioz.nl/doi/10.25850/nioz/7b.b.fd",
204
  "url": "https://dataportal.nioz.nl/doi/10.25850/nioz/7b.b.fd",
            
183
  "version": "1"
205
  "version": "1"
            
184
}
206
}